Als ein mysteriöser Fremder aus der Zukunft in der Gegenwart landet, muss sich Leonardo (Stimme im Original: Ben Schwartz) mit einer ungewöhnlichen Verkündung auseinandersetzen. Zusammen mit seinen Brüdern Raphael (Omar Benson Miller), Michelangelo (Brandon Mychal Smith) und Donatello (Josh Brener) soll er den Kampf gegen eine außerirdische Spezies anführen, die den Planeten Erde vernichten will. Die Krangs haben es sich zur Aufgabe gemacht, die Welt zu zerstören und die Menschheit dem Erdboden gleichzumachen. Die Teenage Mutant Ninja Turtles wollen diesen Plan vereiteln und setzen alles daran, als Sieger aus dem intergalaktischen Krieg hervorzugehen.