Die Agenten Jay und Kay haben eine enorm wichtige Mission: Immer wieder tauchen fiese Aliens auf der Erde auf, die Men in Black sollen sie beobachten, kriminelle Aliens erwischen und vor allem dafür sorgen, dass der Rest der Welt nichts davon mitbekommt. Ausgerüstet mit ihren schwarzen Sonnenbrillen und unterstützt von Agentin Elle trotzen sie der Gefahr aus dem All.