Auf dem Planeten Mobius herrschte einst die Königin Aleena, welche aber vom bösartigen Dr. Robotnik gestürzt wurde. Ihre drei Kinder, Sonic, Sonia und Manic wurden von Adoptiveltern aufgezogen, da Aleena sich in den Untergrund zurückziehen musste. Doch Robotnik ahnte bereits, dass Aleenas Kinder überlebt haben. Deshalb ließ er die Adoptiv-Familien der drei vernichten und Sonic, Sonia und Manic verfolgen. Seitdem befinden sich die drei Geschwister auf der Flucht und haben sich der Widerstandsbewegung gegen Robotnik angeschlossen. Jeder der Igel besitzt seine eigene, einem Musikinstrument ähnelnde Waffe, welcher er im Notfall aus einem Talisman - einem Vermächtnis ihrer Mutter - aktivieren kann. So kämpfen Sonic und seine Geschwister gegen das nahezu unbesiegbare Reich Robotniks, das gegenüber den Geschwistern den Vorteil von weit entwickelten Waffen und Kampfroboter besitzt.