„Beware the Batman“ widmet sich der Zeit, als Bruce Wayne gerade beginnt, das organisierte Verbrechen als Batman zu bekämpfen. Ihm zur Seite steht nicht nur sein Butler Alfred Pennyworth, sondern auch dessen Patentochter Tatsu Yamashiro. Die Kampfspezialistin entwickelt sich schnell zu Batmans wichtigstem Partner. Auf Seiten der Bösewichte treten vor allem bislang eher weniger bekannte Figuren wie Anarky oder Professor Pyg in den Vordergrund.