Im Mittelpunkt der Geschichte von Legion befindet sich der Teenager David Haller. Dieser kämpft bereits seit seiner Kindheit mit einer mentalen Krankheit - oder zumindest haben diverse Ärzte bei ihm Schizophrenie diagnostiziert. Dementsprechend ist der Besuch einer psychiatrischen Anstalt inklusive Therapie mittlerweile ein fester Bestandteil seines Lebens geworden. Als David eines Tages die Bekanntschaft mit einem anderen Patienten macht, verändert sich sein Leben jedoch schlagartig: Was, wenn die Stimmen und Visionen in seinem Kopf echt sind?